Die Künstlerin wurde von ihrem Vater, dem Astronomen und späteren Direktor der Nürnberger Akademie, Georg Christoph Eimmart, ausgebildet. Nach seinem Tod wurde sie seine Nachfolgerin, die auf der Vesterntor-Bastei auf der Nürnberger Burg ein eigenes Observatorium betrieb. 300 Dokumentationen der Mondoberfläche kamen nach ihrem Tode mit dem Nachlass ihres Vaters nach St. Petersburg. 12 weitere Werke von ihr befinden sich heute im Museo Specula in Bologna, wo ihr Ehemann Johann Heinrich Müller im Auftrag des Grafen Marsigli ebenfalls ein Oberservatorium nach Nürnberger Vorbild einrichtete.
Verglühende Kometen, der Planet Jupiter oder die spektakuläre Sonnenfinsternis am 12. Mai 1706 wurden von ihr beobachtet und – in Ermangelung der Fotografie – malerisch festgehalten. Wie das Schaffen der Merian war die künstlerische Arbeit eher zweitrangig. Der Anspruch galt vor allem der naturwissenschaftlichen Forschung. Die herausragende Bildung der aus dem Eimmart-Sandrart-Clan hervorgegangenen Künstlerin bezog sich neben der Astronomie auch auf Sprachen und mathematische Kenntnisse. Das 1701 unter dem Namen ihres Vaters erschienene Werk „Ichnografia“ – einer Studie über die Sonne – soll mit großer Wahrscheinlichkeit ihr Werk gewesen sein. Ihr Grab ist auf dem Johannisfriedhof, wo auch ihr Ehemann, ihr kurz nach der Geburt verstorbener Sohn sowie ihr Vater begraben ist (Nr. 11).
Im Jahre 2012 wurde das verschollen geglaubte Blatt der Sonnenfinsternis in der Berliner Staatsbibliothek wieder entdeckt, – ein verblüffend modern wirkendes Bildnis, das den Blick auf eine Frau richtet, die zu Unrecht im Schatten ihres Vaters stand. Maria Clara Eimmart verstarb am 20. Dezember 1707 mit nur 31 Jahren im Kindbett. Zeichnungen und Gouachen ihrer Hand befinden sich u.a. im Germanischen Nationalmuseum Nürnberg („Vestalin“), dem Metropolitan Museum of Arts in New York („Hl. Margarete“), im Museo della Specula in Bologna (13 Blätter), der Zentralbibliothek Zürich (Stammbucheintrag, 3 Briefe an Ludwig Scheuchzer) sowie in der Staatsbibliothek Berlin (Sonnenfinsternis vom 12.5.1706).